Когда бог Идзанаги вернулся из Ёми-но-куни, он очистил себя омовением. И пока он сушил свое тело, каждая из капель воды, попавшая на землю, наделила ее сверхъестественной силой. Вероятно, так и появились на свет ёкаи.

История об Идзанаги и о происхождении ёкаев почерпнута из древнейшего известного произведения Японской литературы и основы Японской мифологии 8 века, Кодзики (古事記. Японские мифы о сотворении мира - а заодно и скал, деревьев, гор и рек - наполнены упоминаниями о пассивной магической энергии. Стоило этой энергии найти точку прикосновения - и она давала жизнь чему-то новому. Равно как материя, появляющаяся в результате взрыва сверхновой, эта энергия иногда выбрасывается в связи с такими событиями, как извержения вулканов и землетрясения, или же сильные человеческие эмоции, вроде страха или ненависти. Таким образом она способна давать начала и ёкаям, которые, как известно, рождаются именно так. Ёкаи принимают множество обличий, которым нет числа и которые не измеряются человеческим воображением.

Ёкаи не всегда были единым пластом общенациональной культуры. В древние времена, мелкие племена и народности населяли Острова. У важдого из них были свой фольклор, свои верования в богов и чудовищ. Когда же к третьему веку клан Ямато подчинил себе огромные территории и дал толчок к централизации нации и культуры, с веками, ёкаи стали примерно общими для всей страны, за исключением местных чудовищ и феноменов. Когда же появились такие технологии, как печатный пресс, у людей появилась потрясающая возможность напугать соседей с наступлением темноты.

Золотым Веком ёкаев была эпоха Эдо (1603-1868), время относительного мира и спокойствия. Фольклористы и художники, такие как Торияма Сэкиэн (鳥山石燕; 1712 – 1788) собирали жутковатые легенды по всей стране, так что подобия энциклопедий ёкаев множились вместе с иллюстрированными свитками с их изображениями. Точно так же, как братья Гримм собирали немецкий фольклор, Торияма и прочие записывали эти истории и выносили на всеобщее обозрение, печатая и прилагая к ним иллюстрации, в то время как большинство из них передавались исключительно из уст в уста и могли быть забыты в годами.

Ёкаи почти пропали после эпохи Эдо, когда Япония была маниакально подвержена тяге к модернизации. Окончательно встретившись с Западом, страна по сути стыдилась своих провинциальных привычек и страсти ко всему сверхъестественному. Правительство пыталось смести ёкаев под ковер, да утрамбовать в угоду рационализму и научному прогрессу. С приходом к власти милитаристов, а следом и с ужасами Второй мировой, о ёкаях надолго забыли.

Но один молодой человек помнил. Художник Мидзуки Шигеру (水木しげる; родился в 1922) вырос на историях про ёкаев, которые рассказывала ему одна деревенская старушка. Когда он вернулся домой с войны, он стал работать в новой тогда индустрии манга, и рисовал истории, которые запомнил еще в детстве. Его манга Ge ge ge no Kitaro (ゲゲゲの鬼太郎 стала одной из самых популярных в Японии, и Мидзуки поведал новым поколениям о мистическом прошлом их Родины.

Влияние Мидзуки Шигеру еще живо, и ёкаев любят и знают во всей Японии. Дети, выросшие на манге Мидзуки начали создавать собственные истории про ёкаев. Например художник Шибаши Хироши (椎橋寛; родился в 1980) создал мангу Nurarihyon no mago (ぬらりひょんの孫, которая была переведена на другие языки и сделала ёкаев популярными за пределами Японии.